Sobre el origen del ajo negro se han dicho muchas cosas. Una versión muy extendida es que se descubrió casi por accidente, cuando un investigador japonés, mientras buscaba la manera de hacer más digestivo el ajo, dio con el secreto. Exponiendo el ajo a humo de madera, se dio cuenta de que al cabo de un mes no solo pierde casi todo su olor original, sino que aumentan sus propiedades.